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『エヴァンゲリオン』で NERVの本部は第3新東京市の地下にあるジオフロント内に設けられている？
はい、そうです。
『新世紀エヴァンゲリオン』というアニメシリーズでは、主人公たちが活動する「ネルフ本部」が広大なジオフロント内に設けられています。このジオフロントは、地下深くに広がる大規模な空間で、戦略的に重要な施設が配置されています。